受会长委托，副会长兼秘书长任华轶向大会作工作报告，全面回顾总结了2011年的工作，提出了2012年主要工作意见。
会议对感染病学分会等14个先进专科分会进行了表彰和奖励。
郭兴华会长在讲话中，首先肯定了学会在2011年取得的成绩，同时对做好学会工作进行了全面分析，指出健全民主决策机制和议事规则，完善相关管理制度和工作规程，是确保学会各项工作科学、健康、有序开展的必要前提。强调把加强学会的组织建设作为学会发展的重要基础，把提高分会班子的领导能力、调动分会工作的积极性作为学会当前最重要的工作。提出学术交流要注重质量、精心组织，改进交流模式，加强学风道德建设，切实提高会议效果。要求办事机构加强学习、强化服务意识，切实提高为决策机构、分支机构、广大会员服务的能力。
最后，卫生厅副厅长黄祖瑚就学会在新形势下开展工作提出了四点要求：一是要更好地服务于卫生改革。要适应县级医院医务人员需求，把学术继教活动更多地向县级医院倾斜，着力提高为县级医院服务的能力；要适应公立医院改革需求，积极参与抗菌药物合理应用、临床路径研究等医改专项活动，提高临床服务效率；要加强调研，收集整理广大医务人员对医改、对行政部门的意见和期盼。二是要更好地服务于卫生事业发展。要举办高水平学术活动，提高临床诊治水平；搭建青年人才成长的学术平台，培养、选拔更多地青年俊才，为专科分会发展提供动力。三是要服务于医疗监管。要客观公正地开展医疗损害鉴定，及时转化医鉴结果，提升医疗质量和安全，为构建和谐社会服务。四是要更好地服务于大众健康。各分会要把普及医学科学知识、提高民众防病健体能力
